În timpul „apatrid” de după moartea lui Ivan cel Groaznic, alături de bolnavul și slabul Fiodor, boierii au început o luptă deschisă pentru putere. Cel mai puternic dintre ei a fost fostul oprichnik Godunov. După moartea lui Teodor, patriarhul Iov a adunat un Zemsky Sobor pentru a alege un nou suveran. La această catedrală s-au adunat Consiliul Patriarhului, Duma Boierească și oameni de serviciu și reprezentanți ai populației comerciale și industriale a Moscovei. Cei mai probabili candidați au fost două persoane: cumnatul țarului Boris Fiodorovich Godunov și vărul țarului Fiodor, fiul cel mare al lui Nikita Romanovici - Fedor Nikitich Romanov.
Anii domniei lui Boris Godunov au venit într-un moment dificil din istoria statului rus. Aceasta a fost perioada 1598-1605. De fapt, viitorul țar era deja la putere sub fiul bolnav al lui Ivan cel Groaznic, Fiodor.
Domnia lui Boris Godunov a început ambiguu. În februarie 1598, Consiliul ia oferit tronul lui Boris, dar acesta a refuzat. Pentru ca el să fie de acord, a fost organizată o procesiune religioasă la Mănăstirea Fecioarelor, unde Boris stătea cu sora lui. Viitorul rege a fost nevoit să accepte să urce pe tron. Astfel, alegerea lui Godunov a fost populară. Totuși, în același timpse credea că a recurs în secret la amenințări și mită pentru a realiza acest lucru.
Boris a fost căsătorit cu regatul abia la 1 septembrie, convins de puterea alegerii poporului. Domnia lui Boris Godunov pe toată durata sa s-a remarcat prin precauție extremă. I-a fost frică de tentativele asupra puterii sale, i-a eliminat pe toți boierii suspicioși față de el. Adevăratul său rival a fost doar Fedor Nikitich Romanov, drept urmare toți Romanovii au fost judecați sub acuzația de conspirație împotriva suveranului. Boierii nu l-au plăcut pe țar, considerându-l urmașul Teribilului cu persecuția sa asupra nobilimii.
Domnia lui Boris Godunov a fost o continuare a politicii lui Fiodor, sau mai degrabă ceea ce a făcut Godunov sub el. Prin toate mijloacele, el a căutat să restabilească bunăstarea oamenilor, încălcată în epoca Grozny. În politica externă, a căutat să evite ciocnirile, să se abțină de la noi războaie. Îi păsa de întărirea dreptății, voia să fie un bun suveran pentru popor. El a oferit cu adevărat multe beneficii oamenilor de rând. Trei ani la rând, din 1601, a avut loc o scădere a recoltei, care a dus la morți masive de foame. Boris a organizat o distribuire gratuită de pâine celor flămânzi din vistieria regală, a început să construiască mari clădiri în capitală pentru a oferi oamenilor venituri.
Domnia lui Boris Godunov a fost însoțită de foamete, jaf, dar aceasta nu a fost vina lui. Totuși, acest lucru a contribuit la creșterea nemulțumirii față de rege. Foametea a fost urmată de o a doua nenorocire - o revoltă populară pentru autoproclamatul țarevici Dmitri. În timpul acestei lupte, BorisGodunov a murit pe neașteptate (1605).
Godunov a acordat o mare importanță educației europene. Regele a comunicat cu specialiști străini în domeniul tehnologiei și medicinei, i-a dus de bunăvoie în serviciul public. A trimis tineri în țări străine, a plănuit să aranjeze școlile din Moscova într-un mod străin. A format un detașament militar de germani după un model străin. Sub Godunov, guvernul de la Moscova a fost în mod clar atras de contacte mai strânse cu Occidentul iluminat și de asimilarea cunoștințelor europene.
Așadar, domnia lui Boris Godunov este descrisă pe scurt de majoritatea istoricilor. Mulți se îndoiesc de cât de legal a obținut puterea, crezând că opera lui a fost uciderea celui mai mic fiu al Teribilului, țarevici Dmitri, în Uglich.